日本で最初のブタ風邪感染死者から、変異新型インフルエンザD225G D225N G158発見遅れる

D225G D225N G158E Pseudospecies致命的な日本pH1N1ケースで
Recombinomics解説の午前17時56分
2010年4月20日


/株="A/Nagano/RC1/2009インフルエンザA（H1N1）"
/血清="新型インフルエンザ"
/ isolation_source ="性別：M日付△年齢：33;剖検肺"
/ノート="は、HA -メジャー（75％で検出）"

上記の説明は、からの3つのHA配列の同じ患者から。最初のシーケンスは、感染研日本で堆積昨年GISAIDされ、D225Gしていた。 2つの最近のシーケンスがあったGenBankので堆積される。上記の預金の位置158と225で混合信号があった。で158は、G158Eはまちまち、野生型となった。位置225には、混合信号はコドンの位置1と2で、D225GとD22GNコーディングされた。 3番目のシーケンスで）種をマイナー（25％を占めて、そこG158EとD225Nがあった。

これらのデータは、すべての負のインフルエンザとテストオセルタミビルで治療されなかった同じ患者（3300）からであった。 pH1N1は資料に記載されている剖検肺で識別された、"新型インフルエンザ（A/H1N1pdm）日本ではウイルス感染の最初の剖検例：II型肺胞上皮細胞でのウイルスの高いコピー数の検出により病理学的およびウイルス学的検査"。 PLoSの1つの別の論文では、マスコミでいる。

これらのデータは、シーケンスの預金の公共データベースに配置について深刻な疑問を提起する。ポジション158でpseudospeciesと225は共通しており、サンプルの場所、コレクションによって異なります同じ患者から。シーケンスは致命的な例の両方D225GとD225Nを含むされているウクライナ、モルドバ、メキシコ、米国から堆積される。

また、公の死クラスタ内の致命的なケースからシーケンスは様々な組み合わせがあった。インデックスの場合は、最初のコレクションで、野生型、およびD225Gていただけで、その後、コレクション内のD225G。 3番目のケースは、野生型中もう1つの致命的なケースは、野生型と、D225Nしていた。しかし、これら全ての例と同じpH1N1珍しいのHA多型、Y233Hだけでなく、NAがH274Yがあったに感染していた。はほとんど疑いは、すべての3つの致命的な感染症は、野生型、D225Gと、D225N、様々なコレクションの様々な比率があったです。

しかし、D225Gに関するWHO研究では、いくつかの直接シーケンスでD225Gの不在は、D225Gの状況を混同して使用されました。また、CDCは、それらがでD225G発見した記載は7または8患者とき、彼らは15以上の患者からシーケンスをD225G、示唆されていたそれらの野生型との賛成D225Gのサンプルを織り込んでいた。どちらのCDCもWHOが存在またはD225GまたはD225Nの伝送デューク死クラスタ、またはその他のクラスタで認めている。

これらの否定、患者HAはD225Gを含まれている感染からシーケンスの選択リリース/またはD225Nは、世界の健康に有害な場合が続けている。



D225G D225N G158E Pseudospecies in Fatal Japan pH1N1 Case
Recombinomics Commentary 17:56
April 20, 2010


/strain="A/Nagano/RC1/2009(H1N1)"
/serotype="H1N1"
/isolation_source="gender:M; age:33; Autopsy lung"
/note="HA-Major (detected at 75%)"

The above description is from one of three HA sequences from the same patient. The initial sequence was deposited by NIID Japan at GISAID last year and had D225G. The two more recent sequences were deposited at Genbank. The above deposit had mixed signals at position 158 and 225. At 158, G158E was mixed with wild type. At position 225, mixed signals were at codon positions one and two, coding for D225G and D22GN. In the third sequence, representing a minor (25%) species, there was G158E and D225N.

These data were all from the same patient (33M), who tested negative for H1N1 and was not treated with oseltamivir. pH1N1 was identified in autopsy lung, which has been described in the publication, “The first autopsy case of pandemic influenza (A/H1N1pdm) virus infection in Japan: detection of a high copy number of the virus in type II alveolar epithelial cells by pathological and virological examination”. Another paper in PLOS One is in press.

These data raise serious questions about the sequences placed on deposit in public databases. The pseudospecies at positions 158 and 225 are common, and vary by sample location and collection from the same patient. Sequences containing both D225G and D225N from fatal cases have been deposited from Ukraine, Moldova, Mexico, and the United States.

In addition, sequences from fatal cases in the Duke death cluster had various combinations. The index case had D225G with wild type in the first collection, and just D225G in the subsequent collection. Another fatal case had D225N with wild type, while a third case was just wild type. However, all of these cases were infected with the same pH1N1 which had the rare HA polymorphism, Y233H, as well as NA H274Y. There is little doubt that all three fatal infections had wild type, D225G, and D225N and various ratios in various collections.

However, in the WHO paper on D225G, the absence of D225G in some direct sequences was used to confuse the D225G situation. Moreover the CDC stated that they had found D225G in only 7 or 8 patients, when they had published D225G sequence from more than 15 patients, suggesting they were discounting samples with D225G in favor of those with wild type. Neither the CDC nor WHO has acknowledged the presence or transmission of D225G or D225N in the Duke death cluster, or any other clusters.

These denials, and the selective release of sequences from patients infected with HA contain D225G and/or D225N continues to be hazardous to the world’s health.